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(1)组织病理改变：表皮呈乳头瘤样增生，棘层肥厚。表面有轻度角化亢进及角化不全。在棘细胞及颗粒层内可见空泡化细胞，细胞胞体较大，有一圆形深染的核，核周空泡化，淡染，在核膜及浆膜间有丝状物相连，使细胞呈猫眼状。挖空细胞(也叫”凹空细胞“、”空泡化细胞“)是尖锐湿疣的特征性所见，在棘细胞中、上层更为明显。真皮浅层血管周围中等密度浸润，以淋巴细胞为主，还可见浆细胞浸润。真皮乳头部血管扩张，乳头增宽，上延。
(2)醋白试验：以3％～5％的醋酸溶液浸湿的纱布包绕或敷贴在可疑的皮肤或黏膜表面，3～5分钟后揭去，典型的尖锐湿疣损害将呈现白色丘疹或疣赘状物，而亚临床感染则表现为白色的斑片或斑点。醋白试验对辨认早期尖锐湿疣损害及亚临床感染是一个简单易行的检查方法。对发现尚未出现肉眼可见改变的亚临床感染是一个十分有用的手段。醋白试验简单易行，应作为尖锐湿疣患者的一个常规检查手段，有助于确定病变的范围，进行指导治疗。但醋白试验并不是个特异性的试验，对上皮细胞增生或外伤后初愈的上皮可出现假阳性的结果。
(3)阴道镜检查：阴道镜是特殊的放大镜，主要用于对宫颈阴道部黏膜的观察，可用于外阴及阴道上皮的检查。阴道镜可将宫颈表现放大20～40倍，对宫颈上皮的亚临床感染，癌前期病变的早期发现，早期诊断有很大帮助。患者在检查前24小时内应避免阴道冲洗及性交。宫颈以3％～5％醋酸溶液浸湿的纱布敷贴3分钟后以阴道镜检查将有助于发现人类乳头瘤病毒的亚临床感染。对境界清楚的白色斑片或斑点，应进一步取材作组织病理学检查。宫颈上皮内瘤样病变可分为3级。
(4)细胞学检查：主要用于检查女性阴道或宫颈上皮有否人类乳头瘤病毒的感染。在被检部位刮取细胞并涂于玻片上，以95％酒精固定。常用巴氏染色法，镜下所见分为五级。Ⅰ级为正常。Ⅱ级为炎症。Ⅲ级为可疑癌。Ⅳ级为高度可疑癌。Ⅴ级为癌症。Ⅱ级又分Ⅱa及Ⅱb。Ⅱa系炎症细胞。Ⅱb涂片中除炎症细胞外尚含少许轻度核异质细胞。对涂片示Ⅱb的病例应随访，定期检查。为确定是否人类乳头瘤病毒感染，需用特异性抗人类乳头瘤病毒抗体，作组织化学染色或采用原位杂交技术。
(5)聚合酶链反应：取病变组织或可疑部位样品，提取脱氧核糖核酸，利用特异引物对目标脱氧核糖核酸予以扩增。引物可以是人类乳头瘤病毒通用引物，亦可以是针对某一型的特异引物。该法敏感性高，特异性强，但该方法应该在通过相关机构认可或认证的实验室进行开展。
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