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1、不规范治疗导致尖锐湿疣治疗难度增加。临床治疗不规范治疗和对抗生素的不合理使用，加剧了病毒的抗药性。
2、传统诊疗技术难以确定hpv亚型分类。传统的诊疗技术很难准确诊断出尖锐湿疣的亚型病毒，不能在治疗方法上准确指导治疗实施，在药效发挥中不能精确诱导对病毒的杀灭和清除。给病毒的复制和存活提供了条件，使得治疗效果更不理想。
3、病毒出现新亚型，抗病毒无特效药。在临床中抗病毒类药物种类有限，而且没有很好特效的药。
4、病毒感染抑制和影响免疫系统。
5、多合并其它致病微生物潜伏感染。hpv发病往往是和其它致病菌潜匿隐藏发病，也可见于炎症等疾病之后。这些潜在的与hpv没有直接关系的疾病或致病菌，成为hpv在体内蔓延复制和复发的帮凶。在临床由于诊疗技术和治疗方法的缺陷很容易被忽视，是传统治疗方法不能解决的困难之一。
6、传统治疗方法副作用大，威胁健康。抗hpv病毒的药物，对身体的副作用较大，不宜长期服用。对于反复发作的患者而言，在用药上处于进退两难的地步，既不能不用，又不能长期使用，对于产生耐药的病毒又不能采用单纯的增加计量的方法，诸多因素导致传统治疗陷入了困境，成为尖锐湿疣反复难愈的主要原因。
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